Viaje alrededor del Mundo

Martín inició su viaje el 13 de junio de 1581 hacia México con otros treinta y un misioneros franciscanos que finalmente llegaron a Filipinas en 1582. De Filipinas pasó a China para evangelizar pero sufrió varios ataques que casi le cuestan la vida. Por entonces Martín fue ayudado por Arias González de Miranda, capitán mayor de Macao. El 31 de diciembre de 1583 Martín llegó a Malaca de donde volvió hacia la península Ibérica por la llamada Ruta Portuguesa.
Llegó a Europa en 1584 y se puso en contacto con el Consejo de Indias para tratar los problemas que tenían las misiones franciscanas en el Extremo Oriente. Se entrevistó con el padre general de los franciscanos y consiguió del papa Gregorio XIII la bula de custodio de China. En 1585 partió con veinte misioneros del puerto de Lisboa hacia Oriente por la Ruta Portuguesa y a su llegada a Malaca pretendió adentrarse en China. Tras dos intentos fallidos decidió denunciar ante el rey Felipe II las dificultades de las misiones en China. Para ello partió del puerto de Macao hacia Nueva España el 12 de julio de 1588 en la fragata Nuestra Señora de la Esperanza al mando de Pedro de Unamuno. El 22 de noviembre de ese mismo año llegó al puerto de Acapulco, desde allí continuó su viaje y llegó a España al año siguiente.
En 1594 partió otra vez para América del Sur donde fue nombrado obispo de Paraguay el 19 de noviembre de 1601. Pronto convocó el sínodo de Asunción o Rioplatense, el primer sínodo que se realizaba en Paraguay, para la buena enseñanza de la doctrina cristiana a los naturales. Este sínodo supuso notables mejoras de la situación de los indígenas y determinó que la evangelización fuese en lengua guaraní.